ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎()え()ようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタ()ニアの計略だ()と見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレ()イと激し()い戦闘を繰り()広げる()。戦闘を見守るレイラだったが、突()如アキトたちから()の連絡が途絶する()。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵()士()もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメア()フレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りく()る!wZERO部隊が絶体絶命の時、()首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政()権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは()死んだ」。シンの絶望()、レイラの悲し()み、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る!