環境学者である西山玄学は、企業や企業の肩を持つ警察の()圧力に屈することなく公害()の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。まり()子と中川()の()前で、父の西山()玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない()。結婚しても子供は作るな」と残酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のた()め巨大化したナメクジが大発生する。日本各地()では奇形児が増加する一方で、亜鉛鉱山()周辺()では特定の能力が異常に発達した子供が現れる。中川の実家がある漁村が赤潮()で全滅した夜、中川と()まり子は互い()に惹かれ、ついに船の上で結ばれる。
西山は、人類の行き過ぎた開発が人類を滅亡させるとして、必要以上の生産を止()め()るよう提言する()が、人々()の興味は生活の向上や生産の増加に向いており、逆に「ヒューマニズ()ムの崩壊」と批判される始末。国際会議も、発展途上国の人口増加が環境破()壊()に拍車をかけていると主張する先進国と、先進()国の資源()浪費が環境破壊の原因だと反論する発()展途上国が対()立して紛糾する。そんな中、太平洋上の海面が凍りつき、エジ()プトで雪が降る()などの異常気象が発生。さら()に、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注いだとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣されることに()なった。西山の研究所からも2人の部下()が派()遣される。しかし合同調査隊は行方不明になり、西()山や中川らによる第2次合同調査隊()が派遣された。そこで彼らが目()の当た()りにし()たのは、放射能によって巨大化した動植物や、()食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と化した第()1次調査隊隊()員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止()す()る玄学だが、「こうするほかに何ができますか?」と反論された玄学も、自ら自分の部下を射殺するしかなかった。
その頃、SST事故によるオ()ゾン層の破壊で日本列島に超紫外線が降り注ぎ、山火事やコン()ビナートの炎上が続発。さらに、異常気象()は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒並み全()滅。暴騰する食料価格や大災害で人心は荒廃し、食料目当ての暴動や若者の退廃が進行。ついにそれによる二次災害までが発生し、東()京の空はオゾン層の歪みで巨大()な鏡と化し()た。大災害が頻発する中、西山の妻である伸枝は()病に倒れ、玄学の腕に抱かれながら息を引き取る。そ()の一方で、まり子の体には新しい命が宿っていた。
度重なる天変地異に、西()山は()国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。そ()の凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政()治家として大きな決断を迫られた。その決断とは…。