環境学者である西山玄()学()は、企業や企業の肩を持つ警察の圧力に屈することなく公害の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた()。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。ま()り子と中川の前で、父の西山玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない。結婚しても()子供は作るな」と残()酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のため巨大化したナメクジが大発生する。日本各地では奇()形児が増()加する一方で、亜鉛鉱山周辺では特定の能力が異常()に()発()達した子供が現れ()る。中川の実家がある漁村が赤潮で全滅した夜、中川とまり子は互いに惹かれ、ついに船の上で結ばれる。
西山は、人類の行き過ぎ()た開発が人類()を滅亡()させるとして、必要以上の生産を止めるよう提言するが、人々の興味は生活の向上()や生産の増加に()向いており、逆に「()ヒューマニズムの崩壊」と()批判される始末。国際会議も、発展途上国の()人口増加が環境破壊に拍車を()かけていると主張する先進国と、先進国の資源浪費が環境破壊の原因だと反論する発展途上国が対立して紛糾する。そんな中、太平洋上()の海面が凍りつき、()エジプトで()雪が降るなどの異常気象が発生。さらに、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注い()だとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣さ()れることになった()。西山の研究所からも2人の部下が派遣される。しかし()合同調査隊は行方不明になり、西山や中川らによる第2次合同調査()隊が派遣された。そ()こで彼らが目の当たりにしたのは、放射能によって巨大化した動植()物や、食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と()化()した第1次調査()隊隊員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止する玄学だが、「()こうするほかに()何ができますか()?」と反論された玄学も、自ら()自分の部下を射殺するしかなかった。
そ()の頃、SST事故によるオゾン層の破壊で日()本列島に超紫外()線が降り注ぎ、山火事やコン()ビナートの炎上()が続発。さらに、異常気象は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒()並()み全滅。暴騰する食料価格や大()災害で人心は荒廃し()、食料目当ての()暴動や若者の退廃が進行()。ついにそれによる二次災害までが発生し、東京の空はオゾン層の歪みで巨大な鏡と化した。大災害が頻()発する中、西山の妻である()伸枝は病に倒れ、玄学の腕に抱か()れながら息を引き取る。その一方で、まり子の体には新しい命が宿っ()ていた。
度重なる天変地異に、西山は国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。その凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政治家として大きな決断を迫られた。その決断()とは…。