外宇宙から現れた謎の光()が地球に向けて進んでいく。その光球()飛行物体が通り過ぎて()いった各惑星の前線基地から()の通信が次()々と途絶し()、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と()降り立ったそれは、超大()型ミサイルであっ()た。そして後から地()球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為()すべも無く壊滅し、地球は()瞬く間に制圧され()る。
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で()、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させること()が出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達()は、英()雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官から()の極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取()り残されることになる。地球から決死の()脱出を()果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であるこ()とを突き止め、爆発を阻()止するために40万光年の航海に旅立つ。