外宇宙から現れた謎()の光が地球()に向けて進んでいく。その()光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途()絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球()に接近、地球側も迎()撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった()。そして後から地球に押し寄せて来()た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は()為すべも無く壊滅し、地球は()瞬く間に制圧される。
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミ()サイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を()一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防()衛軍()長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと()向かう()。しかし森雪は途中で負傷し()、一人だけ地球に取り残され()るこ()とになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマ()トの()乗組員たちは()、重核子爆弾の起()爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。