主人公の少年ユウキ・()コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き()出した名を取()り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。
そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれてい()たものだった。イデ捜索隊隊長のギ()ジェ・ザラルに無断で、カララ・アジ()バが調査のためにソロ()星(ロゴ・ダウ)へ向かう。
コスモ、ジョーダン・ベ()ス、イムホフ・カーシャが()イデオンを操縦す()るが、二つの人類は双方()とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の()星を守るために異星人を殲滅しよう()として戦火を拡大させた。
コスモ達はソ()ロ星を捨()て、()イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。