主人公の少年ユ()ウキ・コ()スモ()ら地球人が移民したソロ星で、第()六文明()人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り()、()発掘された巨人ロボットはイデ()オンと呼ばれるようになる。
そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの()巨神として語り()継がれていたものだった。イデ捜索()隊隊長のギ()ジェ・ザ()ラルに無断で、カララ・アジバが調査のため()にソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。
コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・()カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人()類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。
コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。