平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1組の霧()隠虎太郎は400年以上続く霧隠()流忍者の跡取り息()子()で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところ()が、爆弾を()投げた藤兵衛が誤って全()宇宙の支配()を目論()む()大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を大魔()界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身()を挺してゴク()アークを再封印する。しかし、ゴ()クアークは封印される一瞬の隙を見て()闇の魔導士・ヤミノリウス()III世を人間()界に遣わした()。
学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭鷹介、流()崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒー()ロー・「ミラクル忍者()・ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うことにな()るが、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレ()ると犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして虎太郎たちは、呪いで犬にな()ってしまった藤兵衛(ゴン)を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になった()のである。
近所の()ブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様()が大魔界の秘密を記したという巻()物には、()ゴクアー()クの兄弟である二大魔王の封印を解く方()法が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争奪戦の末、ついに三()大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…?