平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年()1組の霧隠虎太()郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところ()が、爆弾を投げた()藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアー()クが封印された大岩を壊してしま()う。蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身()を挺してゴクアークを再封印す()る。しかし、ゴクアークは封()印さ()れる一瞬の隙を見て闇の魔導()士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。
学校帰()りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭()鷹介、流崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガ()ンバースーツで超能力を身に着け()たスーパーヒ()ーロー・「ミラ()クル忍者・()ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うこと()になるが()、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレると()犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして虎太郎()たちは、呪いで犬に()なってしま()った藤兵衛(ゴン)を協力者()に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になったのである。
近所のブタ()ネコに奪われていた霧隠家のご()先祖様が大魔界の秘密を記したという巻物には、ゴクアークの兄()弟である()二大魔王の封印を解く方法が書き残してあっ()た。そしてブタネコ()とヤミノリウスも交えた()巻物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…?