平和な町・青空町の忍者屋敷に()住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で()、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧()嘩に発展。ところ()が()、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしま()う。蘇ったゴクアーク()は人間界を大魔界に変えようとする()が、地球を守る()光の戦士エルドランが身()を挺してゴクアークを再封()印する。しかし、ゴクアークは封印される一瞬の隙を見て()闇の魔導士・ヤミノリウ()スIII世を人間界に遣わした。
学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバル()ガーを見つけた虎太郎と友達の風祭()鷹介、流()崎力哉の三人()はエルド()ランの願いにより、ガンバースー()ツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバー()チーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の()生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノ()リウスに「誰かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして()虎太郎たちは、呪いで()犬になってしまった藤兵衛(ゴン)を協力者に、()小学生と秘密のヒーローの二重()生活を送る羽目()になったのである。
近所のブタネコに奪われ()ていた霧隠家のご先祖様が大魔()界の秘密を記したという巻物には、ゴクアー()クの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリ()ウスも交えた巻物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴク()アーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…?