西暦2050年、宇宙の開発を進めていた地球の人類は、突如として250年後の未来から現れた謎の敵エルダー軍の奇襲を受けた。西暦2300年のエルダー星は、地()球人類の侵略を受け、トリニティエネル()ギーを利用し()た地球の兵器の前に圧()倒的不利の情勢にあった。彼らエルダー星人の目的はただ一つ()、水爆の数十倍もの力を()秘めた新エネルギーで()あるトリニティエネルギーを強奪し、歴史を改変すること。
エルダー星人は地球人たちが入植していた木星の衛星イオを占領()。そ()して地球のトリニティエネ()ルギーを奪うた()めに、コス()モザウルスでトリニティシティに攻()撃を開始した。闘志也たちはゴッドシグマで地球とトリニティエネル()ギーを守り、そしてイオを奪還するべく長い戦いを()繰り()広げてゆく。