日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁()普通小女生,某日,她偶然通过()家中神社的()枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起,妖()怪横行,世间大地生灵涂()炭。戈薇在御神木那()里邂逅了被封印()的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成真正妖怪的犬夜叉,为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处,两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变()成人类,而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回()普通人的生活。然而,对桔梗心存邪念的盗贼()鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪,继()而转生变成邪恶的半妖奈()落。在他的一番挑拨下(),犬夜叉被桔梗封印在神木之上,重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
桔梗转生的戈薇解救了犬()夜叉,却不慎将四魂之玉()射成碎片。为了找回碎片,她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴:七宝、弥勒、珊瑚踏上()了充满艰难险阻的旅途……