日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生,某日(),她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟()四起,妖怪横行,世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年()前,意欲变成真正妖怪的犬()夜叉,为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔()梗。经()过一段时间相处,两人之间产生了感情。犬夜叉因此希()望变成人类,而桔梗()也打()算在净()化完四魂之玉后()过回普通人的生活。然而,对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪,继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他()的一番挑拨下,犬夜叉()被桔梗封印在神()木之上,重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
桔梗转生的戈薇()解救了犬夜叉,却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片,她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴:七宝、弥勒、珊瑚踏上()了充满艰难险阻的旅途……