日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生,某日,她偶然通过家中神社的枯井()来到了500年前的战国时代。时狼烟四起,妖怪横行,世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木()那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成真正妖怪的犬夜叉,为了得到四魂之玉结识拥()有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处(),两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类,而桔梗也打算在()净化完四魂之玉后()过回普通人的生()活。然而,对桔梗心存邪念的()盗()贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪,继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下,犬夜叉被桔梗封()印在神()木之上,重()伤的桔梗也在()悲伤绝望中()死去。
桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉,却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片,她和犬夜叉以及随后遇()到的伙伴:七宝、弥勒()、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……