日暮戈薇是就读于国()中三年级的15岁普通小女生(),某日,她偶然通过家中神社的枯井来到了()500年前的战国时代。时狼烟四起,妖怪横行,世()间大地生灵涂炭。戈薇()在御神木那里邂()逅了被()封印的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成()真正妖怪的犬夜叉,为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处,两人之间产生了感情。犬夜叉()因此希望变成人类,而桔梗也打算在净化完()四魂之玉后()过回普通人的生活。然而,对桔梗心存邪()念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪,继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下,犬夜叉被桔梗封印()在神木之上(),重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉,却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片,她和犬()夜叉以及随后遇到的伙伴:七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的()旅途……