西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に()前線基地を建設し、地球に()対して遊星爆弾による無差別()攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変()貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅()する()。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていた()が、科学力の差の前になす術もなく、地()下にも放射能汚染が進行し、人類の()絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後()の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛()来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カ()プセ()ルが回収さ()れる。その中にはイスカンダル()から、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るよ()うに」との救援メッセージと、()航海に必()要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦()へと改造中()だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出か()ら放射能除去装置・コスモクリー()ナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マ()ゼラン星()雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡()という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最()後の希望を託されて発進す()る。
ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く()。