西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵()略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆()弾による()無差別攻撃を加えて()いた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗()を続けてい()たが、科学力の差の前になす術もなく、()地下にも()放射能汚染が進行()し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
()最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に()外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセル()が回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモ()クリーナーDを受け取りに来るよう()に」との救援メッ()セージと()、()航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた()。極秘()裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジ()ンが搭載され、()目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリ()ーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、()宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望()を託されて発進する。
ヤマトはガ()ミラス帝国と戦い、()未知の宇宙空間における()障害を乗り越えながら、イスカ()ンダル星を目指して行く。