西暦2199年、地()球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けてい()た。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発()し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地()上の生物は死滅する。人類は地下都市を()建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続()けていたが、科学力の差の()前になす術もなく、地下にも()放射能汚染が進行し、()人類()の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が()、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊()との交戦()で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰()えた()か()に見えた。しかし、この海戦の最中()に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着()、通信カプセルが回収される。その中にはイスカ()ンダルから、「放射能除()去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッ()セージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放()射能除()去装置・コスモクリーナーDの受け取()りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以()内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガ()ミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えな()がら、イスカンダル星を目指して行()く。