西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国()の侵略を受けていた。ガミラ()スは冥王星に前線基地を建設し、()地球に対して遊()星爆()弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶け()た姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は()地下都市を()建設し、地球防衛軍を結成し()て抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅ま()であと一年余りと迫()っていた。
最後の地球防衛艦隊が、()冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交()戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この()海戦の最()中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け()取りに来る()ように」との救援メッセージと、航海に必要な()波動エン()ジンの設計図が()納められていた。極秘裏に()宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され()、目的が地()球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わ()る。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなけれ()ば人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマト()は人類最後の希望を託されて発進する。
()ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇()宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。