西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受け()ていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地()球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加()え()ていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に()変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人()類は地下都市を建設し、地球防衛軍を()結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が、()冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最()中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信()カプセルが回収される。その中にはイス()カンダルから、「放射()能除去装置・コスモクリー()ナーDを受()け取りに来るように」との救援()メッ()セージと、航海に必要な波動エンジンの設計図()が納められていた。極秘裏に宇()宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジン()が搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリー()ナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星()雲のイスカンダル星に向け、()1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦()艦ヤマトは人類最後の()希望を託されて発進する。
ヤマトはガミ()ラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における()障害を乗り越()えながら、イスカンダル星を()目指して行く。