西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地()を建設()し、地球に対して遊星爆弾による無()差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けてい()たが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最()後の地()球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラ()ス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類()生存の希望は完全に潰えた()かに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一()隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置()・コ()スモクリーナーDを受()け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計()図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが()搭載()され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光()年の彼方、大マゼラ()ン星雲のイスカン()ダル星に向け、1年以()内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託され()て発()進する()。
ヤマト()はガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を()乗り越()えながら、イスカンダル星を目指()して行く()。