()西暦()2199年、地球()は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加()えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた()姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下()都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けてい()たが、科学力の差の前になす術もなく、()地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っ()ていた。
最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦()隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船()が火星に不時着、通信カプ()セルが回収される。そ()の中にはイスカンダルから、「放射能除去装置()・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救()援メッセージと、航海に必要な波動エ()ンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波()動エンジン()が搭載()され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの()受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大()マゼラ()ン星雲のイスカンダル星に()向け、1年以内()に帰還しなければ人類()滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは()人類最後の希望を託されて発進す()る。
ヤマトはガミラス帝国と()戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。