西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を()受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設()し、地球に対して遊星爆弾に()よる無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地()下()都市を建()設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていた()が、科学力の差()の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅ま()で()あと一年余りと()迫っていた。
最後()の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完()全に潰えた()かに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火()星に不時着、通信カ()プセルが回収される。その中にはイス()カンダルから、「放射能除去装置・コスモクリ()ーナーDを受け取りに来るよう()に」との救援メッセージと、航海に必要()な波動エンジンの設計図が納めら()れていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭()載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモ()クリーナーDの()受け取りに変わる。
14万()8千光年の()彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類()最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガ()ミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。