西暦()2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線()基地を建設し、地()球に対して遊星爆()弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶()けた姿に変()貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市()を建設し、()地()球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前に()なす()術もなく()、地下にも放射能()汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見え()た。しかし()、この海戦の最中に外宇宙から()飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカ()ンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められ()ていた。極()秘裏に宇宙戦艦()へと改造中だったヤマトに波()動エンジンが搭載され、目的が地()球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
() 14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカ()ンダル星に向け、1年以内に帰還()しなければ人類滅亡という()状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託され()て発進する。
ヤマトはガミラ()ス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。