西暦2199年()、地球は宇宙人・ガミラス帝()国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線()基()地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地()球は赤茶けた姿に変貌し、放()射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設()し、地()球防()衛軍を結成して抵抗を続けていたが、()科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫って()いた。
最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦()隊との交戦で壊滅し、人()類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプ()セルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コス()モクリーナーDを受け取()りに来るように()」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載()され、目的が地球脱出()から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
()14万8千光年の彼方、大マ()ゼラン星雲のイスカンダル星に向け、()1年以内に帰()還しなければ人類滅亡という状況下、()宇宙戦艦ヤマトは人類最後の()希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス帝国と戦い()、()未知の宇宙空間における障害を乗り()越えながら、イスカンダル星を目指して行く。