西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミ()ラス()は冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に()変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都()市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続け()ていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が、()冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛()来した一隻の()宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射()能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに()来るよ()う()に」と()の救援メッセージ()と、航海に必要な波動エン()ジ()ンの設計図が納められていた()。極秘裏に宇宙戦艦へと()改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置()・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡()という状況下、宇宙戦艦ヤマト()は人()類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス帝国()と()戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越え()ながら、イスカ()ンダル星()を目指して()行く。