西暦2199年、()地球()は宇宙人・ガミラス()帝国の侵略を受けて()いた。ガミラスは()冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃()を加えていた。海は()蒸発し地球は赤茶けた姿に変()貌し、放射能汚染で地上の生物は死()滅する。人類は地()下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵()抗を続けて()いたが、科学力の差の前になす術もなく()、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと()一年余りと迫っていた。
最後の()地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミ()ラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しか()し、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収さ()れる。その中にはイ()スカンダルから、「放射能除去装置・()コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メ()ッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に()宇宙戦艦へと()改造中だったヤマトに波動エンジン()が搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年()以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス()帝国と戦い、未知の宇宙空間に()おける障害を乗り越え()ながら、イスカンダル星を目指して行く。