() 西暦()2199年、()地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵()略を()受けていた。ガミラスは冥王星に前線基()地を建設し、地球に対して遊星爆弾()による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し()、放射能汚()染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科()学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年()余りと迫っていた。
最後の地球防()衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は()完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻()の宇宙船が火星に()不時着、通信カプセルが回収される。その中に()はイスカンダルから、「放射()能除去装置・コスモク()リーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必()要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だっ()たヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出か()ら放()射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以()内に帰還しなければ人類滅亡という状況()下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する()。
ヤ()マトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を()乗り越えながら、イスカンダ()ル星を目指して行く。